Redondo的日记本

内参的选择

redondoself — Fri, 09 May 2008 21:50:00 +0800

c01985f1最近要做HPLC试验，由于机器上没有自动进样装置，所以要靠人工手动加样。为避免手动加样的误差，师兄建议应该选择一种物质作为内参。他的意思是通过内参来证明每次注射的样品体积是相同的，这样每次的结果才具有可比性，数据才可靠，可以拿来分析。这种物质应该满足以下几个条件：1.稳定，不容易发生改变或降解；2.不与样品溶液中的成分发生反应；3.在各个样品溶液中浓度保持恒定；4.在检测波长下，有明显的光吸收，且出峰时间与样品有明显差别。总之，目的就是用来证明每次注射的样品体积是相同的。
我上网Google了以下内参（internal control），搜索到转载率非常高的一篇关于western blot试验中选择内参的文章，呵呵，写得不错，我也收藏一下。为了因为很多地方都有这篇文章，一时难以确定原始出处，后来终于在生物通网站上的文章中找到关于文章来源的字眼。我想作者应该就是康成生物吧，不是特别肯定，如果哪位朋友了解，还请麻烦您告知Redondo一声，谢过！

【推荐】Western Blot为什么必须要用内参？

摘要：

康成生物供稿，生物通改编

要检测一个基因的表达产物是否正确，或者比较表达产物量的相对变化，首选方法是Western Blot。因为Western Blot操作相对简单方便，既可以定性分析表达产物，同时还可以指示目的蛋白量的相对变化。虽然，顺利的时候Western Blot做起来很简单，可不顺的时候也很令人心烦――做不出结果啦、假阳性啦、结果出现多条带啦、到底是一抗有问题还是二抗有问题啦……毕竟，作为一种有活性的生物大分子，抗体和抗原的反应毕竟不象1+1那么明确，而用这种不确定的试剂来测定同样知之甚少的表达产物，确实是有一定的不确定性的。所以，严谨的Western Blot实验设计中要求有良好的参照体系，对实验结果分析是非常有用。特别是当实验出现问题时，借助参照体系很容易就可以查出问题所在，而不必抓耳挠腮怨天尤人。良好的参照体系通常包括分子量Marker（用来确定蛋白条带对应的分子量大小），空白载体对照（如果是诱导表达体系还应该有诱导前的对照），已知量标准产物的正对照；另外还有内参。可是由于经费限制或者偷懒的原因，国内的不少人做Western Blot往往省略参照，导致结果出现问题时无法分析结果――即便有结果也可能影响结果的分析。

内参是最容易被忽略的一项。我们知道，要用Western Blot比较不同条件下或者不同组织中，目的蛋白表达量的相对多少，前提条件是等量的细胞上样，才有比较的基础。特别表达量不高时，上样量的差别就很可能影响结果的分析。所以你需要内参。

内参即是内部参照（Internal Control），对于哺乳动物细胞表达来说一般是指由管家基因编码表达的蛋白(Housekeeping Proteins)，它们在各组织和细胞中的表达相对恒定，在检测蛋白的表达水平变化时常用它来做参照物。在Western Blotting 实验中，除了需要进行蛋白抽提、蛋白定量、等量蛋白上样电泳、转膜、靶蛋白抗体孵育、显色等步骤以外，还需要进行内参的检测，以校正蛋白质定量、上样过程中存在的实验误差，保证实验结果的准确性。

在国外发表的文章中，Western Blotting 实验结果须进行内参校正已成为一种惯例。但是，国内仍有不少科研人员在Western Blotting实验中忽略了内参的使用，将蛋白浓度测定作为规范需相互比较的各种样品间上样量等同的唯一方法。然而各种蛋白质浓度定量方法，都存在局限性，不能完全准确的确定各种样品的准确蛋白浓度。如UV法直接定量，适合测试较纯净、成分相对单一的蛋白质，相对于比色法来说，操作简单，但是容易受到平行物质的干扰，如DNA 的干扰；且敏感度低，要求蛋白的浓度较高。比色法测定蛋白浓度一般有BCA，Bradford，Lowry 等几种方法。BCA法与Lowry法都容易受到蛋白质之间以及去污剂的干扰。Bradford 法敏感度最高，且与一系列干扰Lowry，BCA 反应的还原剂（如DTT，巯基乙醇）相容。但是对于去污剂依然是敏感的，其最主要的缺点是不同的标准品会导致同一样品的结果差异较大，无可比性。另外，蛋白质定量以后进行电泳时需要等量上样，此步骤也存在操作误差。在Western blotting实验时使用内参，即可简便地对定量和上样步骤产生的误差进行校正。

在Western Blotting中使用内参其实就是在WB过程中的另外用内参对应的抗体检测内参，这样在检测目的产物的同时可以检测内参的表达，由于内参在各组织和细胞中的表达相对恒定，借助检测每个样品内参的量就可以用于校正上样误差，这样半定量的结果才更为可信。此外使用内参可以作为空白对照，检测蛋白转膜情况是否完全、整个Western Blot显色或者发光体系是否正常。

实验结果分析其实很简单：如果样品蛋白量有限，只够进行一次电泳转膜实验时，分别检测样品的内参量和目的蛋白量。将各样品目的蛋白量分别除以其内参含量，得到的数值即为内参校正后的各样品中目的蛋白相对含量，再用此数值进行样品间的比较和分析，得到目的蛋白含量在不同样品间的实际变化结果。如果样品量充分，可以先检测内参，观测样品间内参显色条带是否一致，根据差异大小调整各样品的上样量重新进行Western Blotting实验，至内参量一致为止；若内参一致，即可进行不同样品间目的蛋白表达变化分析。这样虽然麻烦一点，但是可以保证结果更有说服力，更可信。毕竟我们的实验是一种严谨的工作。

常用的蛋白质内参有GAPDH（glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase）和细胞骨架蛋白beta-actin或beta-tubulin。最近的国外文献报道中使用GAPDH内参的较多。上海康成生物工程有限公司与国外实验室合作开发的GAPDH，100μl一支，浓度为100μg/100μl，稀释比达1：10000以上，至少可做100次Western mini-blots，价格仅为988元人民币，并且只需4℃保存运输，有效期长达两年。这一产品大大降低了内参的费用，性能稳定、质量可靠、易于保存。

在Western Blotting实验过程中，由于使用的二级抗体往往会与总蛋白中本身含有的某些免疫球蛋白产生反应产生较强信号的杂带。因此，上海康成生物工程有限公司推出了HRP 标记的GAPDH，在任何情况下使用它都能够得到单一的条带结果，使得内参的使用方法更为简便准确。这种操作省时，无需二级抗体反应的HRP标记的 GAPDH内参不仅具备康成生物普通GAPDH的所有优点而且结果条带单一，可避免二级抗体的非特异性反应。售价为1498元人民币100μl，稀释比达 1：10000以上，至少可做100次Western mini-blots。（Tips：现在读者在康成生物购买前面那个便宜的内参时提及生物通就可以额外获赠这个标记内参的10次使用装）

图示: A-G分别表示不同实验小鼠心脏蛋白（上样量50ug），兔抗小鼠Akt抗体（康成生物Cat＃KC-5A01）检测心脏组织匀浆中Akt水平。加入兔二抗（康成生物Cat＃KC-RB-035，稀释比例为1：5，000）时同时加入HRP标记的抗GAPDH单抗（稀释比例为1：10，000，康成生物 Cat＃KC-5G5）。采用化学发光试剂盒（康成生物Cat＃KC-420）及X胶片曝光显影。一次反应即可同时检测目的蛋白（Akt）与内参 GAPDH的含量。

目前，市场上供应的其他内参则均需要-20℃保存，干冰运输：Sigma公司的Anti-β-Actin，价格为241美元200μl，可做100次左右的Western mini-blots。Labvision的β-Actin 399美元1ml，可做50到100次Western mini-blots; 209美元0.5ml，可做25到50次Western mini-blots。Cell Signaling Technology的BETA-ACTIN ANTIBODY 只可做10次 Western mini-blots，美金价为150美元，人民币售价为1875元。

附：在Western Blotting实验过程中使用内参的方法有：

一、超级简便的标记内参使用法：只要在二抗孵育时加入HRP标记内参抗体，按照正常操作即可。

二、普通内参：当目的蛋白的分子量大小与选用的内参蛋白分子量相差不大时，可以先进行目的蛋白的抗体温育显色和检测。然后使用Strip缓冲液洗掉膜上的抗体，重新进行内参蛋白的抗体温育、显色检测。

三、当目的蛋白的分子量大小与选用的内参蛋白分子量大小相差比较明显情况下，可以在转膜后预染，根据蛋白质Marker的大小将膜剪为大分子量和小分子量两部分，使内参蛋白与目的蛋白分开。然后两块膜分别与内参蛋白抗体以及目的蛋白抗体进行温育，二抗温育以及显色。

一篇调侃牛顿的文章

redondoself — Fri, 09 May 2008 21:10:00 +0800

3月28号是牛顿的忌日，但是知道的人很少，我们毕竟更关心沈殿霞和张国荣。其实牛顿老师在科学圈里曾经很有权势，被女王封了爵位成了贵族，官至皇家造币局局长兼皇家学会会长。如果阿尔伯特没有辞了以色列总统的话和他有一拼。说他有权势并不仅是官大，主要是贡献大。如果17世纪就有诺贝尔奖的话，牛顿老师至少能连续垄断4届物理学奖（分光计；力学体系的构建；反射望远镜；万有引力），同时为了表彰他在炼金方面的造诣，再奉送他一届化学奖。而且这孙子鼓捣出了流数术，所以菲尔兹数学奖也要给他。要知道，他的这些发现基本都是在26岁以前获得的，30岁以后牛顿就开始玩票了，成天琢磨上帝和炼金，以及怎样把莱布尼茨搞臭，捎带手的把以前的发现整理成书。所以你能想象到他在当时的欧洲是如何的一呼万应，敢跟他叫板的只有莱布尼茨和大主教贝克莱。牛老师死的时候，全英国的名流以给他扶柩为荣，全欧洲的名流蜂拥伦敦。来自法国的傻逼文科生伏尔泰在国葬现场大受刺激，回去就写了首诗，嫉妒之情溢于言表。

牛顿老师的一生是天才的一生，战斗的一生，也是孤独的一生。一辈子没有朋友，也没有结过婚，很可能到死都是处男，关于牛顿是否处男的问题，由于篇幅过长，我将在另一篇文中论证。当然他肯定不会孤独，因为科学的世界里乐趣无限，快感连连。出乎世俗想象的是，科学其实远比任何娘们儿都风骚，玩科学比玩女人爽得多，得到一个成果所获得的高潮强烈而持久，不仅有快感，更有巨大的自我认同感，远胜于那几秒寒颤之后无边的空虚与落寞。所以陈景润其实是沉溺于美色不能自拔，身体弱架不住高潮过度被爽死了。

牛顿老师茕茕孑立，形影相吊的原因是多方面的。首先他生性孤傲，自恃高才，瞅谁都是傻逼，当然不会真心跟傻逼交朋友。同时在他眼里人是不分男女的，只有傻逼和巨傻逼两种，所以他对女色没兴趣也就可以理解了。有婚介中心给他介绍过几个名媛，拾掇拾掇都是当王妃的坯子，但一见面就受不了牛顿的牛逼烘烘和不知所云。比如有次相亲，他把姑娘的手指头塞进了烟斗。

另一方面是外在的，不光他不愿意交朋友，也没有人真正想跟牛顿当朋友，结交他的人都是有目的的。人们对他只有敬畏和仰慕，并不真的喜欢他。这道理其实很浅显，绝大部分人都热衷于跟比自己傻的人待着，很少有人愿意在人精的身边衬托自己的二逼。所以好多人都喜欢小动物和小孩子，就是因为这些东西够傻。不少姑娘一见到小猫小狗小人儿都会迫不及待的搂抱，接踵而至的就是很嗲的说好可爱欧~，听得我毛都竖起来了。有时候可爱和憨态可掬的潜台词就是弱智。小猴子也很好玩，喜欢的人就少多了，因为猴子机灵到能戏弄人，那些人没有驾驭猴子的自信。同理，喜欢小孩的都是喜欢他们的单纯与缺心眼，在他们眼里，小孩跟小动物没有本质区别，也都是四条腿走路，露着屁眼随时拉撒。如果遇到一个小天才，3岁就会心算三位数乘法或者知道傻逼二字的正确写法，她们一定会骇破了胆。所以那些喜欢养猫狗的女士们别再标榜自己有爱心了，你们其实比谁都缺德。我从不喜欢猫狗，这是因为我敬畏大自然的生灵而不忍戏弄它们；我也不喜欢小孩，因为我把他们当作一个大写的人而不是小畜生看待。

大家不喜欢牛顿的另一个原因是他性格暴戾乖张。长年在他身边的人回忆说，牛顿在人前只笑过两回，其中一次还是嘲笑：有人问他，欧几里得的《几何原本》那么老朽，不知道还有什么价值。牛顿闻听放声大笑。而且他人品太差，跟谁都打架。众所周知他从小就有校园暴力的记录，胖子同学不小心踩了他的风车，他抬手就把胖子打哭了，我们的教科书居然说这是他有志气的表现。长大了不以拳脚论高下，他就雇用枪手大骂莱布尼茨，甚至不惜化名亲自去骂，人品至此真是无以复加。莱布尼茨若不是脸皮厚早就跟纳什一样疯了，而且牛顿老师肯定会拍个片子叫《丑陋心灵》继续恶心人家。

关于牛顿的另一个谎言是他的谦虚，证据就是牛顿老师说过两段著名的话，一段是站在巨人肩膀上，另一段是海边捡石头子。这确实很有迷惑性，我第一次听到后感动的直冒鼻涕泡。但任何话语都是有语境的，巨人肩膀那一句的语境是这样的：胡克其实早就发现了万有引力定律并推导出了正确的公式，但由于数学不好，他只能勉强解释行星绕日的圆周运动，而且他没有认识到支配天体运行的力量其实是普遍存在的，是“万有”的。第谷早在100年前就发现了行星的公转其实是椭圆运动，开普勒甚至提出了行星运动三定律。所以科学界对胡克的成果不太重视。后来数学小狂人牛顿用微积分极其圆满的解决了这个问题并把他提出的力学三条基本定律成功推广到了星系空间，改变了自从亚里士多德以来公认的天地不一的旧观点，被科学界奉为伟大的发现。于是胡克大怒，指责牛顿剽窃了自己的成果。牛顿尖酸刻薄的回敬道：是啊，我他妈还真是站在巨人的肩膀上呢！这本是一句反语，至少不是真的想客气一下。几百年后罗永浩说自己只是站在巨人的肩膀上也是这意思。但后人出于塑造完人的目的，只保留了孤立的原话而去掉了语境，变成了一句彻头彻尾的谦辞。

牛顿老师人品差，不谦虚，没朋友，按现在的说法这是典型的高智商低情商，事业不会成功。但我们也发现，当智商高到一定程度的时候是可以取代情商的。所以那些说自己情商低的所谓天才们，你们没成功只是他妈的还不够聪明而已，怨不着人家情商。要知道牛顿是个遗腹子和早产儿，出生时体重不到5斤，没吃过DHA和 RHA配方的奶粉。亲娘改嫁后跟文盲姥姥度过无聊的童年，没有任何的早期智力开发和学前启蒙，7岁上学以前脑子里空空如也，牛妈妈对他的期望仅仅是认识点字然后回家务农。但是牛顿上中学后已经熟练掌握了拉丁语希腊语西班牙语和英语，然后被推荐进了剑桥，20出头就当了卢卡斯教席的终身教授。

晚年的牛顿除了升官发财再无其他骄傲之处，而且官迷心窍，没退休一直干到85岁寿终。当然他并没闲着，写了150万字的神学著作，同时一心扑在化学事业上，在家里盖了窑子，拿出年轻时搞物理的劲头玩命试验。但这次他的出发点就错了，总是希望从黄铜和煤渣中提炼出黄金。要知道化学反应只改变分子并不能改变原子，能给原子做变性手术的只能是核反应。他违背了物质不灭的化学定律，所以虾米了。

最后，说两段悼词。一段是他的墓志铭：伊萨克牛顿爵士，安葬在这里。他以超乎常人的智力，第一个证明了行星的运动与形状；彗星轨道与海洋的潮汐。他孜孜不倦地研究，光线的各种不同的折射角，颜色所产生的种种性质。让人类欢呼，曾经存在过这样一位，伟大的人类之光。另一段是英国诗人写的：自然和自然的规律隐藏在茫茫黑夜之中。上帝说：让牛顿降生吧。于是一片光明。

不知道为什么，一想到这里，我总是有点感动。

来源：http://www.imagegarden.net/bbs/showthread_636749.html

你看过这样的照片吗？

redondoself — Fri, 09 May 2008 17:57:00 +0800

频闪是近代闪光灯具有的特殊功能中的一种，通常闪光灯触发一次只闪一次，而在拍摄移动物体时，人为对闪光灯进行设定，使其在单一曝光过程时发生多次闪光，这就是“频闪”。

　　在设定不同频闪次数，或以不同值进行单次光量输出时，闪光灯指数会有很大的变化，在拍摄时基本的技术要领是：

1、因整个拍摄过程中相机的快门都开着，要采用较暗的背景和拍摄环境，并使用稳固的三角架。

　　2、频闪一次只记录一个影像，事先要计划主体运动速度和单张底片所需影像的数目，并以此为根据来较为精确地设定适合的频闪次数与间隔。

　　3、频闪摄影要求主体与背景要远，以防在画面中出现灯影。相机与被摄者的距离要近一些，这是因为设定频闪后，闪光指数会下降很大。在实拍中针对不同的相机还有很多不同的技术要求。所选图片为国外体育摄影中运用的频闪摄影，这种创作方法成功地将运动员的动作进行分解，提供出更形象的科学手段来进行观察和研究。

了解更多“频闪”的信息，可以用Google或百度搜索“strobe photography”或“频闪”。

也可以登录中国摄影交流网

每个细胞里有多少个核糖体，RNAP，RecA...？

redondoself — Fri, 09 May 2008 17:35:00 +0800

分子类型	拷贝数
复制错误/染色体	0.002
双链断裂/染色体	0.2
复制叉/细胞	1.5-6
基因拷贝数/细胞	1-5
F因子/细胞	1-3
转座子/染色体	1-15
Lac操纵子阻遏蛋白/细胞	5
RNAPs/lac基因	5-20
DNA聚合酶III/细胞	10-20
lacZ mRNA/细胞	10-30
核糖体/lac mRNA	20
DnaG/细胞	50
RecA/细胞	1000
活跃的RNAPs/细胞	200-2000
SSB/细胞	1000-7000
总RNAPs/细胞	1000-10000
核糖体/细胞	7000-50000
tRNA/细胞	60000-400000

再贴一张DNA复制子的示意图吧。

细菌细胞在生长过程中，DNA附着在质膜上的部位开始复制。其双链环形DNA分子在一个特定位置上起始复制，该位置称为复制原点，也称复制起点。复制原点是一约由300个碱基组成的特异序列，它能被特异的起始蛋白所识别；
DNA复制从原点开始，在一系列酶的催化下,经过解旋和半保留式复制,向两个相反的方向延伸，最终形成两个子染色体DNA分子。在细胞分裂形成的两个子代细胞中，分别含有一个遗传信息完整的拟核。

细菌在快速生长时，染色体一次复制尚未结束，在尚不分开的染色体上又开始了新的复制，导致染色体复制的时间大为缩短，细胞分裂的代时（细菌繁殖一代所需时间）大为缩短。

奥运歌曲——北京欢迎你官方完整版MV

redondoself — Fri, 09 May 2008 14:46:00 +0800

整首歌前奏非常的赞，好似《霸王别姬》中的串场原声，充分体现了老北京的文化底蕴。
歌手的表现一个一个都可圈可点：那英很好听，孙燕姿很漂亮，周华健很阳光；蔡依琳唱高音，苏醒似暹罗正太，李宇春、周笔畅、张靓颖辨识度非常好，黄晓明超级帅，成龙任贤齐十分大气……总之，很好。
尤其喜欢看着每一个人微笑着伸出双手，一派祥和安宁团结和睦。

歌曲：北京欢迎你

【陈天佳】迎接另一个晨曦带来全新空气
【刘欢】气息改变情味不变茶香飘满情谊
【那英】我家大门常打开开放怀抱等你
【孙燕姿】拥抱过就有了默契你会爱上这里
【孙悦】不管远近都是客人请不用客气
【王力宏】相约好了再一起我们欢迎你
　　　　　　
【韩红】我家种着万年青开放每段传奇
【周华健】为传统的土壤播种为你留下回忆
【梁咏琪】陌生熟悉都是客人请不用拘礼
【羽泉】第几次来没关系有太多话题

【成龙】北京欢迎你为你开天辟地
【任贤齐】流动中的魅力充满着朝气
【蔡依林】北京欢迎你在太阳下分享呼吸
【孙楠】在黄土地刷新成绩
　　
【周笔畅】我家大门常打开开怀容纳天地
【韦唯】岁月绽放青春笑容迎接这个日期
【黄晓明】天大地大都是朋友请不用客气
【韩庚】画意诗情带笑意只为等待你
　　　　
【汪峰】北京欢迎你像音乐感动你
【莫文蔚】让我们都加油去超越自己
【谭晶】北京欢迎你有梦想谁都了不起
【陈奕迅】有勇气就会有奇迹
　　　　
【阎维文】北京欢迎你为你开天辟地
【戴玉强】流动中的魅力充满着朝气
【王霞李双松】北京欢迎你在太阳下分享呼吸
【廖昌永】在黄土地刷新成绩
　　　　
【林依轮】北京欢迎你像音乐感动你
【张娜拉】让我们都加油去超越自己
【林俊杰】北京欢迎你有梦想谁都了不起
【阿杜】有勇气就会有奇迹

京剧：北京欢迎你呀~~

【容祖儿】我家大门常打开开放怀抱等你
【李宇春】拥抱过就有了默契你会爱上这里
【黄大炜】不管远近都是客人请不用客气
【陈坤】相约好了再一起我们欢迎你
　　　　
【谢霆锋】北京欢迎你为你开天辟地
【韩磊】流动中的魅力充满着朝气
【徐若瑄】北京欢迎你在太阳下分享呼吸
【费翔】在黄土地刷新成绩

【汤灿】我家大门常打开开怀容纳天地
【林志玲张梓琳】岁月绽放青春笑容迎接这个日期
【张靓颖】天大地大都是朋友请不用客气
【许茹芸伍思凯】画意诗情带笑意只为等待你
　　　　
【杨坤范玮琪】北京欢迎你像音乐感动你
【游鸿明周晓欧】让我们都加油去超越自己
【沙宝亮满文军】北京欢迎你有梦想谁都了不起
【金海心何润东】有勇气就会有奇迹
　　　　
【飞儿庞龙】北京欢迎你为你开天辟地
【吴克群齐峰】流动中的魅力充满着朝气
【5566 胡彦斌】北京欢迎你在太阳下分享呼吸
【郑希怡刀郎】在黄土地刷新成绩
　　　　
【纪敏加屠洪刚吴彤】北京欢迎你像音乐感动你
【郭容刘耕宏腾格尔】让我们都加油去超越自己
【金莎苏醒韦嘉】北京欢迎你有梦想谁都了不起
【付丽珊黄征房祖名】有勇气就会有奇迹
　　　　
【全体】北京欢迎你有梦想谁都了不起
【全体】有勇气就会有奇迹
【全体】北京欢迎你有梦想谁都了不起
【全体】有勇气就会有奇迹

以上歌词及评论来自两全其美网。

胡core球风很凶猛啊

redondoself — Fri, 09 May 2008 09:14:00 +0800

东方卫视转央视《新闻联播》5月8日播出节目“胡锦涛与日本运动员福原爱打乒乓球”，

以上为节目视频。

Redondo：球风是一个人个性的体现，胡core很强势。

胡锦涛八日在早稻田大学发表演讲，他指出，中日两国人民的友好交往绵延两千多年，堪称世界民族交往史上的奇迹。在漫长的历史进程中，中日两国人民相互学习、相互借鉴、相互交融，促进了各自国家发展进步，丰富了东亚文明和世界文明宝库。

　　胡锦涛说，到了近代，由于日本军国主义对中国发动侵略战争，两国友好关系受到严重破坏。这段不幸历史，给中华民族造成深重灾难，也使日本人民深受其害。

胡锦涛说：“历史是最富哲理的教科书。我们强调牢记历史并不是要延续仇恨，而是要以史为鉴、面向未来，珍爱和平、维护和平，让中日两国人民世世代代友好下去，让各国人民永享太平”。

TOC是什么意思？

redondoself — Thu, 08 May 2008 23:50:00 +0800

1. 总有机碳（total organic carbon）
水中的有机物质的含量，以有机物中的主要元素——碳的量来表示，称为总有机碳。在950℃的高温下，使水样中的有机物气化燃烧，生成CO2，通过红外线分析仪，测定其生成的CO2之量，即可知总有机碳量。

2. TOC约束理论(Theory of Constraints):
局部的改善不等于整体的改善。
一根链条，如果想要增加它的强度的最快最有效的办法，不是把每个链条都加强，而是找出最弱那一个把它加强就好了，然后依次继续找出最弱的加强，直到整体强度达到你的要求。

下面是摘自畅享网的一些资源：

Taming Uncertainty.pdf ( 372 KB )
Introduction_to_the_Systems_Approach_c.pdf ( 112 KB )
itriz_map.pdf ( 197 KB )
The Need for a Thinking Process.pdf ( 245 KB )
TOC – More output with less effort on the inputs.pdf ( 49 KB )
TOCresults.pdf ( 95 KB )
Using TOC for Integrated Resource Scheduling (IRS) in MRO.pdf ( 52 KB )
triz and toc.pdf ( 2060 KB )
TOC在医疗机构运用.ppt ( 557 KB )
TQM & TOC 全面品質管理與限制理論.doc ( 53 KB )
有意義的量化標準.doc ( 35 KB )
TOC_and_Lean_Paper__Dettmer-rev_.pdf ( 688 KB )
The Integration of TOC with other Improvement Frameworks.doc ( 24 KB )

感兴趣的话，还可参考栖息谷的一些资料。

蛋白质结晶之Tips Z

redondoself — Thu, 08 May 2008 23:35:00 +0800

Z代表零（Zero）

当筛选晶体的生长条件时，经常用“0”来表示某个条件下液滴是澄清的，作为评估的分值。还可以用更有趣的数字比如“-1”来表示失败的试验，例如，滑落的液滴或者漏掉的液滴。推荐用-1而不是0来表示失败的试验，因为一般认为0代表液滴是澄清的。

Z代表锌（Zinc）

1-5 mM的锌离子可以用作一种有效的添加剂，能降低样品的溶解度。锌离子本身比较难溶，浓度稍高就很容易从溶液中析出来。

原文：
Z is for Zeppenzauer
   Microvolume crystallization by dialysis was first reported by Zeppenzauer in 1971 (Methods in Enzymology, ibid ref. 1. Vol. 22, page 253). The Zeppenzauer cells are homemade from capillaries with the ends of the tubes either covered with dialysis membrane or plugged with acrylamide, silica, or agarose gel. If covering the tube with a dialysis membrane, one can use small o-rings to secure the membrane over the tube. The capillary is then placed in an appropriate chamber with a volume of reagent sufficient to cover the ends of the tube.
Z is for Zero
   Zero or “0” is often used to represent a clear drop when scoring crystallization experiments. While on the subject of zero or nothing, consider using -1 or some other more interesting and exciting score to represent a non-experiment. A non-experiment is a drop that has fallen off or a drop that was never pipetted (human or robot error). Better to use a non-experiment score such as -1 than a “0” since someone reading your scores might mistake a “0” as a clear drop.
Z is for Zinc
   1 to 5 mM zinc (most frequently as zinc chloride or zinc sulfate) can be a useful crystallization additive and typically reduces the solubility of the sample. Zinc is not very soluble and can readily precipitate or crystallize out of reagents as higher concentrations.

转载：zhenma的科研孙子兵法

redondoself — Thu, 08 May 2008 23:12:00 +0800

博士或者博士后，拿老板的钱，替老板干活，本来也是天经地义的事情。老板今天出什么点子，你就做什么点子，用劳动力来“报销”工资。但是，如果真得这么不动脑筋干活，只是让老板高兴而获得表面上的繁荣的话，那么什么事情也做不出了。道理何在？主观能动性使然！做科研不仅仅是做了什么，花了多少时间，得到什么结果，做科研更能体现出一个人的研究哲学，研究理念，管理能力，科研态度，和军事理论，孙子兵法！

管理学中有一个术语“目标管理法”，即要树立一个大目标，围绕大目标，把大目标分割为可执行可实现的中目标，再切割为日常的小目标。这个方法也提现在很多介绍科研的书(At the Helm, Making the Right Move)里面。合适的大目标比如：“在未来的五年内，我要成为这一个领域的教授。”合适的中目标为：“未来的一年内，我要把工作A和工作B整理出两篇文章，计划投送Applied Catalysis A和Journal of Catalysis。并且，未来的一年内，我要和律师联系，申请绿卡。”合适的小目标为：“昨天审稿意见回来了，这个星期我必须做这个新的实验，并争取下周把稿子修改好投出去。明天是某会议投稿截止日期，我必须今天把摘要写好。另外，某某样品的比表面没有测，我今天要把它测完。”书上说，我也体会到，好的目标必须要有具体性、可执行性、可评估性，而坏的目标（如：“我要执行老板的点子”）非常宽泛。我体会到，一个研究者，也象开民营企业的经理一样，心里一定要有排兵布阵，不要让导师告诉自己今天该干什么，明天该干什么。成功的科研者自己知道：已经得到什么结果，还需要什么结果才能出文章？现在的困难在什么地方？如何克服这个困难？什么时候这个工作完成？这个工作的意义在哪里？完成以后，大致能投什么杂志？只有有了清晰的框架后，每天的实验，生活，力气都朝这个目标打，无关的事情也会被摒弃。一个好的方法是在纸头上写下一条一条待做的事情，做掉一件划掉一件。每次划掉，心里有中愉悦感，甚至奖励自己去饭店吃一顿，这样能激励自己成为高效的工作者！另外一种方法是每天晚上回去之前把明天要处理的文件（比如开会的征文通知、未完成的稿件打印版、合作者送来的稿件、编辑送来的审稿稿件、要看但是还没有看的C & En News）堆在计算机旁边，堆在桌子上．这样第二天一早来了，就＂冲锋陷阵＂，处理公文。

很多老板每天看很多文献，经常拍脑袋想出个点子叫你试一试。有的点子你不做就知道效果一定不好，即使效果好，也发不了文章，因为根据目前具有的仪器手段无法解释清楚实验现象。如果你不能把握这一阶段自己的“主旋律”、主打方向而被老板牵着鼻子走，今天试这个明天试那个的话，一年下来什么都没有，还搞得自己很累！更何况，很多老板说“试一试”，其实说不定他第二天就忘记了他自己说过的话。你却当真了，屁颠屁颠花了一个月时间做了，结果发现效果不好。告诉老板后，老板要么火冒三丈说：“谁叫你做的？”要么不露声色、一笔带过，说：“喔，效果不好啊。”显然，老板不会自己打自己耳光承认自己出错点子的，但是学生的损失就大了。对策：学生应该先拖着，等老板冷静下来，如果他坚持要做了才去试“一”试。如果他真的serious了，自己会来找你的。那么，什么叫做试 “一”试呢？好比说金催化吧，试“一”试就是你在认为不会得到任何好效果的前提下，不用严格控制合成或者测试条件，不用严格控制合成时的pH值，按照老板的点子合成出初步尝试的催化剂，然后在测试一氧化碳氧化活性的时候不用程序升温的方法，而只是在室温，50度，100度打三个点，说效果全是零。本来严格测试，浪费你一天时间。但是现在你试“一”试，花了一个小时时间，在做完老板要做的点子后，可以拿出自己的催化剂做自己要做的实验，同一天时间干了两件事情，都不耽误！那么，用这种试“一”试的方法敷衍老板，在科研方法学上对不对呢？当然对，这叫preliminary experiments。道理很简单：如果这样随意制造的催化剂，室温有100%转化率的话，那么以后可以严格固定实验条件做进一步详细研究；而这样的催化剂在200度还没有效果，这说明这不是随意合成引起的，而是这个点子根本没用，于是马上就要“刹车”了！

有时候，无论是自己做科研，自己做老板的点子，还是老板从外面不同的地方拿来样品叫自己测试，都要多问几个为什么。做这些实验，是为了什么？能解决什么工业生产的实际问题？在学术上能解决什么别人没研究过的问题？和别人搞合作，弄清楚是老板提出搞合作，还是别人求我们，急着等这批数据出文章搞合作？如果是老板外出开会和别人随口提提，拿来样品搞合作，很可能就不了了之，没有结果的。因为事先没有一个workable plan，必要没有说好研究计划，时间安排，基金支持，人员分工，什么时候出文章，谁当通讯联系人，哪一方面当“操盘手”，到后来必然没有好结果。老板当然损失小，因为他也许有1000篇文章了，他有无数个项目，各种各样的人都见过，但是学生的损失就大了。所以：不要光做拼命三郎，首先要问清楚。细节一点地来讲：好比说（架设）别人要进行某种复杂的无机合成，达到某一特定目标；而我手里有同步辐射的仪器（我只是假设这个情况），别人于是找我合作，随便给几个样品。我当然要问清楚别人想达到什么目的，分析一下用我的仪器能否达到这个目的，同时分析有没有大材小用。因为有时候别人想合成一个东西，但是并没有达到那个目标，现在提供的样品只是半成品。那么，如果我是聪明人，我就会说：“等你合成出你想要的东西，确准了，我才给你测；如果你不确准，一次一次地做同步辐射，做了也是白做的。”

要有正确的定位，平常的期望值。管理心理学里面有个激励理论，就是说当老板对下属的要求比下属的能力稍微高一点，“跳一跳摘桃子”的时候，能达到最佳激励效果；而如果总是让下属做剥毛豆的简单劳动，下属提不起精神；而如果要求下属每年都出篇Nature, Science，同样达不到激励效果。从老板的角度说，很多老板总喜欢给学生空幻想，说这个工作做出来以后，就能出Nature, Science, JACS，还没有上法庭就先审判了，实验还没有做就说能出Nature, Science了！从学生、博士后的角度说，千万别屁颠屁颠！希望越大，失望越大。还不如保持平常心，认真做好每天的事情。对于合作的事情，也千万别期望值太高。合作者急着找你合作，往往会把预期结果说得如何好，说服你和他合作。而你叫别人给你做实验，别人也会拍胸脯说他的仪器多么多么好，一定能得到什么结果，出Nature, Science, JACS。记住：说的东西都没有用的，要看结果。一本介绍科研之道的美国书本(At the Bench)已经说了，“要与人合作，你就要准备花的时间比预期的时间多得多。找你合作的人总是说只是麻烦你测一个样品，就一个；但是结果总是测了一个又一个。”此外，正确定位还在于把文章投到合适的杂志上去。

企业管理学有个术语叫“盘活存量，提高增量”，科研上也是这样。往往学生手头上已经有很多数据了，五篇文章已经呼之欲出了，只是没有最后成型，但是很多老板还是不停地催着做实验。这时候，应该果断认清什么是存量，什么是增量；什么是现金，什么是期货或者空头支票！力气只有往一处使才能达到最佳效果！要集中优势兵力消灭敌人！先把容易完成的完成的文章完成，投稿；然后把下一篇已经完成80%的工作完成，投稿；最后没有事情做了才做新的实验。在此期间，表面上看这个月没有做什么新的实验，但是却实现了“存量”的价值，理清了头绪，做这些事情的价值是其表面价值的数倍！

还有，要知道自己的最终目标。有时候，认真做好自己的课题和自己的最终目标（比如找到一份工作）是不冲突的，但是，问题是：只要做好自己的课题就能达到自己最终目的了吗？当然是远远不够的。这正如要出国的同学光做好课题是不够的，也要复习TOEFL, GRE；要找工作的同学光做科研是不够的，也要学习计算机，学习应聘技巧，投简历；要当教授的同学光做自己课题是不够的，也要复习课本知识，防止上岗后误人子弟，也要动动小脑筋想一想以后该做什么。如果这些事情都是在晚上“下班”以后才做的话，那么根本不可能把事情做出来。我的理念是：现代教育的目的就是要造就对社会有用的人，造就对自己有用的人。如果我是老板，我就会鼓励学生多为自己前途、职业规划着想，“上班”时间看TOEFL, GRE 也没有关系的。很多人在老板的逼迫下出了很多文章，后来毕业后还是放弃科研了。在我看来逼迫也没有用，self-motivation非常重要，是成功科研的灵魂．

欢迎浏览 Zhen Ma 最新文章 !

http://dx.doi.org/10.1016/j.apcata.2007.05.019
http://dx.doi.org/10.1016/j.apcata.2007.04.004
http://dx.doi.org/10.1016/j.molcata.2007.04.007
http://dx.doi.org/10.1016/j.jcis.2006.09.005
http://dx.doi.org/10.1016/j.surfrep.2006.03.001

以上文字转载自：小木虫——学术科研第一站

http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=624207&fpage=1

蛋白质结晶之Tips W——水

redondoself — Thu, 08 May 2008 22:40:00 +0800

W代表水（Water）

水分子在结晶过程中扮演中重要角色，因为蛋白晶体是以高度水合的方式存在。液滴中或晶体中水分的量，纯度，化学组成，以及水分子之间／水分子与样品或结晶试剂之间的相互作用方式等，这些都是影响结晶过程的变数。要保证结晶实验有良好的可重复性，每次的操作过程和所用试剂都要保持一致，水也不例外。要考虑水的来源，应该使用新鲜的纯水来做结晶实验。电阻率略低于18.2Ω，并且总有机炭含量低于30 ppb的分析纯的水可以用来做结晶实验。使用高效的纯水制造设备是必要的。不同设备或者不同方法获得的纯水是不同的，例如玻璃器蒸馏获得的水的pH是5.5，而反渗及去离子纯水装置获得的水pH是7。
另外一个方面是关于纯水设备的正确使用及维护。认真按照生产商提供的使用说明来使用仪器。定期检查和维护设备，保证纯水的质量。设备所用的纯化柱填料过期或没有按照程序来清理纯化柱，可能会导致水的电阻率升高或被细菌污染。被细菌污染了的水会导致pH改变，也容易使得样品被蛋白酶降解。使用新鲜的水。纯水是去离子化的，不含锌／铅／铜／铁／铝／等金属离子杂质。纯水在塑料容器中放置数周后，其总有机炭含量跟自来水相当。

附原文： The role of water in protein crystallization is significant as protein crystals are highly hydrated. The amount of water in a drop or a crystal, the purity, the chemical composition, and how the water interacts with itself, the sample, and reagents are all critical variables in a protein crystallization experiment. Consistency is typically a good thing to keep in mind when trying to reproduce crystallization results. Being consistent with one’s treatment, handling and use of water can be a important crystallization. Consider the source of water. One should use pure and fresh water for crystallization experiments. Type II analytical grade water with a resistivity of less than 18.2 M?-cm, with a total organic carbon (TOC) of less than 30 ppb and low bacteria count is a good source of water for protein crystallization. Purchasing and using a quality water purification system is one part of the water source equation. Different water systems and different methods of water purification produce different water. For example, glass distilled water typically has a pH of 5.5 while reverse osmosis and deionization systems typically produce water with a pH of 7.

Another part of the water equation is the proper use and maintenance of the water purification system. Carefully follow the manufacturer’s use, maintenance, and service guidelines. Establish regular quality control practices to ensure the consistent quality of the water. Using a water purification cartridge beyond its expiration date or failing to clean the system on a regular basis can lead to water with higher resistivity as well as microbial contamination. Microbial contamination can change the pH of the water as well as expose your sample to proteloytic modification. Use fresh water. Purified water is deionized and can leach zinc, lead, copper, iron, aluminum and other substance from glass or plastic storage containers. Purified water stored in plastic containers for several weeks has nearly the same level of TOC as tap water.

Use fresh, pure water for your crystallization experiments. When having trouble reproducing experiments, consider water, the difference in purity and the difference in source as potential crystallization variables.